De boot naar Timboektoe is een persoonlijk verslag van het grote avontuur dat Afrika heet en een liefdesverklaring aan zijn bewoners. Ontmoet Cinto, de smokkelaar uit Angola die rijk denkt te worden op Zanzibar; Khadidja, het Malinese meisje dat moet trouwen omdat ze wordt geslagen door haar stiefvader; en Badi, die Toeareg-rebel uit de Sahara, die de dood van zijn broer – veroorzaakt door militairen – wil wreken.
Ton van der Lee reisde door Afrika en stapte binnen in de levens van een bonte stoer Afrikanen. Hij maakt de lezer deelgenoot van hun avonturen. De mensen die hij onderweg ontmoet, beschrijft hij met humor, liefde en respect.
Zijn verhalen geven daarnaast een goed beeld van een groot aantal Afrikaanse landen: van de cultuur, de geschiedenis en de natuur. De boot naar Timboektoe is hiermee niet alleen een caleidoscoop van het huidige Afrika en zijn bewoners, maar ook een gids voor mensen die meer over het continent te weten willen komen.
Net als in zijn vorige boeken is Ton van der Lee ook nu weer prominent als hoofdpersoon aanwezig: een reiziger en een avonturier die op zoek is naar de spiritualiteit en het hart van Afrika.
Ton van der Lee is filmmaker en schreef eerder over zijn reizen door Afrika en zijn leven in Mali in Solitaire en Het Zandkasteel.